口腔医学研究所于2012年建立，前身为2002年创建的口腔材料实验室和口腔正畸实验室。2013年获批建设“温州市口腔医学重点实验室”，在年度绩效评价中连续四年获评优秀，2024年获批省级高水平国际联合实验室（ 浙江-澳大利亚口腔生物材料3D打印联合实验室）。

现有研发人员30余人，其博士人员比例达80%以上。特聘张志愿院士为研究所所长，李校堃院士为科研协作中心主任。目前已拥有科研用房2000平方米，科研设备原值2700余万元；形成了较完善的分子生物学平台、细胞生物学平台、生物材料实验平台、陶瓷与生物力学实验平台、口腔病理检测平台、实验动物操作平台、微生物学平台和大型仪器平台共八大平台。大型仪器平台具有扫描电镜、激光共聚焦显微镜、micro-CT等设备，具备承担重大科技创新项目的能力。

口腔医学研究所主要研究方向为口腔颌面部组织再生基础及缺损修复新技术；口腔炎症性疾病发病机制及防治新技术；口腔颌面部发育及畸形发生机理和防治新技术。历年承担各级各类科研课题400余项，其中国家级科研课题37项，省级科研课题55项，累计科研经费超过3000万元；发表论文350余篇，其中包括J Dent Res,  Int J Oral Sci，J Clin Periodont和Adv Mater等高水平期刊论文190篇；出版专著及教材37部；获授权专利122件；成功实施专利成果转化5项；荣获浙江省科学技术进步奖三等奖3项，浙江省医药卫生科技二等奖2项。（数据截止至2025年7月底）