口腔医学研究所于2012年建立，前身为2002年创建的口腔材料实验室和口腔正畸实验室。现有科研人员近30人，其中硕士及博士人员比例达80%。特聘张志愿院士为研究所所长，李校堃院士为科研协作中心主任。目前研究所设置了口腔生物材料实验室、陶瓷与生物力学实验室、口腔细胞生物学实验室、口腔分子生物学实验室、细菌实验室。已拥有相对独立的科研用房近1600平方米，科研仪器设备总值1000万元。

口腔医学研究所主要研究方向为口腔颌面部组织再生基础及缺损修复新技术；口腔炎症性疾病发病机制及防治新技术；口腔颌面部发育及畸形发生机理和防治新技术。近五年承担中国家自然科学基金37项，省级科研课题37项, 累计科研经费超3000万元；在国内外核心期刊上发表论文280余篇，其中176篇论文被SCI收录，2篇分别被口腔正畸权威杂志Am J Orthod Dentofac及口腔医学Top期刊J Clin Periodontol引用为封面文章；共出版学术专著6部；获授权专利26项；转化应用2项；荣获浙江省科学技术进步奖三等奖3项，浙江省医药卫生科技二等奖2项。同时积极拓展与国内外交流与合作，到目前为止，已与美国太平洋大学、美国罗玛琳达大学、荷兰阿姆斯特丹大学、澳大利亚詹姆斯库克大学及加拿大阿尔伯塔大学等建立长期合作关系。